Hola.
No conozco ningún programa por software que permita selectivamente desactivar un ventilador de la gráfica. El propio controlador de la gráfica tiene una salida a la que van los tres ventiladores en paralelo (fijas la tensión de todos ellos a la vez).
Con la caja abierta, puedes detectar de forma manual (poniendo los ventiladores a una velocidad en la que se distingan claramente los que están mal y forzando su paro manualmente) si es uno o dos de los tres ventiladores que indicas que tiene tu gráfica.
Suponiendo que te guste cacharrear y no tengas miedo a cargarte la gráfica, la primera solución sería desmontar el bloque del disipador con los ventiladores, y limpiarlos.
Si sigue pasando, se puede usar en el eje de los afectados un aceite muy poco viscoso, como por ejemplo el que se usa en máquinas de coser, por si es tema de falta de lubricación con el uso. Después de ponen a funcionar sobre papel de cocina para eliminar el exceso de lubricante, se limpia de nuevo, se montan y se prueban.
Si no funciona, es muy probable que el eje se haya descentrado porque tenga holgura del uso y no tiene solución, por lo que pasamos a la respuesta controvertida:
Si es uno, y tu caja tiene un buen flujo de aire, dejar dos operativos cortando el cable de alimentación del ventilador del que falla (de ahí lo controvertido).
Si fallan dos, no creo que dejando sólo uno puedas llegar a temperaturas seguras para la gráfica. En ese caso, buscaría algún módulo compatible de otra gráfica, o un reemplazo buscando recambios por la referencia, o un sistema completo de alguna marca dedicada como artic cooling, o, la opción más bricomanía, unos ventiladores fijos amarrados al soporte de plástico.
