AVI, MKV, MP4, M4V, MPG, OGM, FLV, MOV, RM/RMV son CONTENEDORES DE VIDEO, a los que simplemente llamamos "archivos de video".
DivX/XviD, H264, H263, MPEG-1/MPEG-2, VP5/VP8, RV40 son algunos FORMATOS DE VIDEO.
El contenedor AVI puede albergar stream de video de varios formatos, como el MPEG-1/MPEG-2 o el H264 por ejemplo.
El mejor de todos los programas que menciona arriba es Mediacoder y HandBrake {este ultimo solo si deseas recodificar a formato de video h264}.
Ahora, la pregunat real es: ¿Quieres cambiar las dimensiones del video o solo cambiar la relacion de aspecto?
Cambiar dimensiones {alto x ancho en pixeles}, p.e., de 720p a 480p, o cambiar de 480p a 360p
Cambiar relacion de aspecto, p.e., de 16:9 a 4:3, o de 4:3 a 5:4.
Para cambiar de dimensiones deberas recodificar lo cual implica degradar la calidad de la imagen original.
Para cambiar la relacion de aspecto es solo especificar la nueva relacion en el contenedor de video [archivos *.MKV, *.AVI, *.MPG, *.MP4/*.M4V, *.FLV, etc.], el video no se recodifica, lo unico que se hace es que el reproductor multimedia "lee" la relacion de aspecto {descrita en el contenedor} a la que debe mostrarse el video, con lo cual "redimensiona al vuelo" la imagen conforme la va reproduciendo; la calidad del video es la misma ya que no se a tocado el stream de video.