@patrinas Yo, aportando opinión y opciones te digo:
Lo primero, seria valorar si ese PC va a estar en ese mueble durante toda su vida, o si hay posibilidad a corto plazo de que acabase en un escritorio. Si el caso es el primero.....
Como opinión, deberías valorar la opción de montar todo el PC en el armario de forma interior, sin la caja ATX. De esta forma, puedes hacer una 'porta-placa' externa que luego solo tendrías que atornillar en el interior del mueble. Y para soportar la GPU, puedes hacerte un soporte tipo 'soporte telescópico' que se regule en altura con un sistema de tornillo (que al girarlo se extienda o contraiga) pudiendo así ajustar la altura de soporte.
Es para mi la mejor opción posible para que el equipo se mantenga lo mas fresco posible y conseguir el máximo flujo y la mejor ventilación posible (sin olvidar añadir al menos un ventilador en la parte trasera de escape de aire caliente). Reconozco que conllevaría mucho mas trabajo, pero a la hora de enseñarlo, quedaría ademas mucho mas espectacular y currado, y daría incluso mejor sensación.
Si el segundo caso (el de sacar de ahí el equipo) es el mas probable,
Pues si, la opción mas cómoda seria la de la caja ATX para montarlo todo de forma 'común', y haces bien en buscar una caja con el máximo flujo de aire, pero recuerda que la caja esta dentro de otra caja, y la caja exterior no tiene ningún diseño de flujo de aire, así que igualmente te recomendaría montarle al menos 1 o 2 ventiladores de 'escape de gases', por ejemplo te recomiendo montar al menos 2 de
120mm que conectan por USB , teniendo de esta forma la facilidad de desconectarlos y conectarlos por USB mientras el PC este dentro (incluso, también te servirían si montas alguna consola como PS4 o Xbox porque se alimentan por USB) para que al menos puedan evacuar el máximo de aire caliente y viciado del interior. Incluso, te recomendaría poner 4, 2 de entrada y 2 de salida (entrada en frontal o lateral, salida en trasera).
De ti depende el resultado que quieras conseguir, siempre contando con los requisitos que tienes, pero lo que si te aconsejo es que te lo pienses muy mucho y valores todas las opciones antes de decidirte, porque recuerda ésta norma máxima:
El mayor enemigo de la informática es el calor.