Poseo un samsung 960 evo nvme pciE,colocado en el primer puerto M2,y la grafica en su slot pciEx16,y ningun problema,lo unico como mencionan los compañeros,es que deshabilita un puerto sata,en mi caso tengo 6,y me deshabilita el sata 5,segun mi placa base.
Asrock z270 gaming k4
Si M2_1 se ocupa con un dispositivo M.2 de tipo SATA, SATA_5 se
deshabilitará.
Si M2_2 se ocupa con un dispositivo M.2 de tipo SATA, SATA_0 se
deshabilitará.
2 x Zócalo Ultra M.2 que admite el módulo SATA3 6,0 Gb/s M.2
de tipo 2230/2242/2260/2280 y el módulo PCI Express M.2 hasta
Gen3 x4 (32 Gb/s)**
Admite unidad de estado sólido de NVMe como disco de arranque
Edit: Esta parte no la había visto..Zócalo M.2 (clave E), admite el tipo de módulo 2230 WiFi/BT
Si M2_3 está ocupado, PCIE3 se deshabilitará.
En este caso si el puerto M2-nº3 (en mi placa base se refiere al modulo wifi) el puerto pciE-nº3 será deshabilitado.
Saludos..