Como sabrás, cuando se borran archivos estos permanecen en el disco duro, no se eliminan en realidad sino que quedan en un limbo, apartados, sin que el usuario tenga acceso a ellos, pero siguen existiendo. Por eso los programas de recuperación de datos son capaces de recuperarlos, a veces incluso despues de haber formateado el disco duro, o haber sobreescrito con nuevos datos/archivos la porción del disco donde se encontraban los archivos antiguos.
De forma natural, tras formatear varias veces en el tiempo y sobreescribir continuamente, los antiguos archivos acaban muriendo por completo.
Prueba alguna herramienta de borrado definitivo, como
HardWipe (Win) o
DBan (Linux).
Desconozco el motivo de que el disco muestre los archivos una vez borrados, en mi ignorancia no lo encuentro normal, al funcionar por USB puede tratarse de una alteración eléctrica/magnética, o que una parte física del disco (sectores, pistas, cluster..) está empezando a fallar.
Tambien podría estar alterado el registro de arranque principal.
http://es.wikipedia.org/wiki/Master_Boot_Record En caso de que el disco tuviera algún problema físico, puede pasar que empezára a dar otros problemas dentro de un tiempo, (bloqueos, pantallas azules, lentitud del equipo), en ese caso un formateo a bajo nivel a veces repara una parte del disco, alargando un poco su vida útil, aunque esto sólo se debe hacer cuando el disco duro esté con seguridad muy dañado.
Saludos