Tienes que arrancar tu pc con un cd o pendrive usb de arranque con utilidades tipo Hiren's, y usar el partition magic o cualquiera de los que te vengan. El tamaño de la partición fat32 puede ser mayor de 32Gb, de hecho ayer yo formatee un disco externo de 500Gb, y cree dos particiones, una fat32 de 200Gb y la otra ntfs con el resto de espacio.
Un saludo