Por eso siempre se debería tener, como mínimo, 2 particiones, una para Windows y otra para las fotos/videos, así cuando quieras formatear no pasaría esto.
Y sí, si solo tiene 1 partición palmarás todo; y si reinstalas por encima, al final no limpias nada. Lo mejor sería pasar esas fotos/videos a un hd externo, formatear y particionar para no tener el mismo problema en el futuro.