Hombre, aparte del precio, yo te dire que le veo mas calidad visual a la MVS por ser un RGB mas directo, ademas hay muchos juegos MVS que no estan en AES. A cambio, la MVS es esteticamente mas fea, menos "coleccionable" y mucho mas compleja de usar que la AES.
Hemos hablado de esto innumerables veces, usa la busqueda para mas informacion, de hecho si algun dia me aburro escribire un pequeño FAQ sobre la Neo Geo cubriendo las dudas mas comunes, incluyendo esta.