Claro, si lo haces así el disco duro esta bloqueado y no puedes tener acceso desde el PC.
Se trata de que sigas los pasos del tutorial que has mencionado.
Para pausar la detección de dispositivos IDE, activa la autodetección en la BIOS, y si en tu arranque te sale una imagen del fabricante de la placa base, desactivala también en la BIOS. Tambien tienes que modificar la secuencia de arranque para que el primer dispositivo en arrancar sea el lector de CD/DVD donde tengas metido el disco de linux.
Una vez hecho esto, verás en el post de arranque (generalmente es así) que tras el check de memoria, pone algo parecido a "detecting IDE", es ahí cuando le tienes que dar a la pausa y hacer el hotswap.
Acuerdate de desconectar el cable del otro disco duro que tengas conectado (antes de arrancar el equipo claro).