Prueba a "reinicializar" el pendrive usando el diskpart. Haz lo siguiente...
1- Si tienes windows 10, pinchas con el botón derecho del ratón sobre el icono de windows en la barra de tareas, y le das a "Símbolo de sistema (administrador)". CUando te salga el aviso control de cuentas de usuario le das a aceptar y listos...
Si tienes Windows 7, pinchas en el menú de inicio, y en la opción de "Ejecutar" escribes "cmd" y le das a enter...
2- En la ventana de comandos escribes 'diskpart' (sin las comillas), y le das a enter. A continuación escribes 'list disk' y te aparecerá una lista con los discos duros conectados a tu equipo. Algo tal que así...
Microsoft Windows [Versión 10.0.17134.285]
(c) 2018 Microsoft Corporation. Todos los derechos reservados.
C:\WINDOWS\system32>diskpart
Microsoft DiskPart versión 10.0.17134.1
Copyright (C) Microsoft Corporation.
En el equipo: XxXxXxXxXxXx
DISKPART> list disk
Núm Disco Estado Tamaño Disp Din Gpt
---------- ---------- ------- ------- --- ---
Disco 0 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 1 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 2 En línea 238 GB 1024 KB
Disco 3 En línea 223 GB 1024 KB
DISKPART>
3- TIenes que buscar el disco que quieres borrar, y te fijas en el número de disco que tiene asignado. En mi caso, por ejemplo, voy a borrar el disco 3. Escribes entonces 'select disk n', donde 'n' es el número de disco tuyo, y en el mío sería 'select disk 3'
DISKPART> list disk
Núm Disco Estado Tamaño Disp Din Gpt
---------- ---------- ------- ------- --- ---
Disco 0 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 1 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 2 En línea 238 GB 1024 KB
Disco 3 En línea 223 GB 1024 KB
DISKPART> select disk 3
El disco 3 es ahora el disco seleccionado.
4- Ahora simplemente escribes 'clean' y le das a enter, y con este comando inicializarás las tablas de particiones dle disco, haciendo que aparezca como un disco vacío.
DISKPART> clean
DiskPart ha limpiado el disco satisfactoriamente.
DISKPART>
Después de esto cierras la ventana de comandos, te vas al administrador de discos y creas la particion ó particiones que quieras a tu gusto...