Buenas, la verdad es que resulta extraño..
Imagino que puede dar resultado si aún no lo has probado, 'desactivar' el soporte nativo de USB3 desde la Bios, de modo que en un principio los puertos USB 3.0 traseros de la placa no tengan más salida que comportarse como USB 2.0 (o dejar de funcionar por completo en el peor de los casos). Aunque no es una solución quizas sirva para salir del paso. Se trataría de desactivar todo soporte USB 3.0 del PC desde la Bios.
En la Bios, se entraría en "Integrated Pheripheals" (o tambien en "Advanced", de existir), buscándose dentro apartados como "Onboard USB 3.0 controller o "Sata3/USB 3.0, se tendrían que configurar en "Disabled". Se guarda la configuración y se reinicia el equipo. Me parece que, siendo algo rebuscado, la configuración de los discos duros guarda una relación con el soporte USB 3.0 (por ejemplo tener un disco SSD configurado en AHCI y un HD mecánico en Sata3), pero de ser así lo ignoro.
Si ya has actualizado los controladores de la placa, por mi parte no sé que otra cosa podrías hacer,al margen de lo lógico si el equipo estuviera en garantía; comunicarlo a la tienda donde adquiriste la placa porque tal vez el producto esté defectuoso.
Saludos