MKV, AVI, MP4, WebM, MPG, FLV, RMBV, son algunos CONTENEDORES de VIDEO, es decir, la caja que contiene los streams de audio y de video.
DivX/XviD [mpeg-4 sp], MPEG-2, MPEG-1, h264 [mpeg-4 AVC], RV9, RV8, VP8 son algunos FORMATOS del stream de VIDEO.
WebM es el contenedor de video que ya es el estandar HTML5 y busca sustituir al contenedor video flash [FLV], la ventaja es que no requiere de un reproductor especifico de una compañia especifica, como el caso del video flash que requiere flash player, en su lugar el mismo navegador tiene integrado lo necesario para su reproduccion.
El programa de descarga que usas esta bajando el archivo fuente de video, asi que si viene en contenedor MP4 pues asi baja el archivo, si viene en contenedor de video web WebM pues baja asi el archivo.
En principio el contenedor WebM es un archivo MKV [matroska video], asi que cualquier reproductor que tengan que soporte archivos MKV puede abrirlo, seria solo cambiar la extension *.webm a *.mkv. Aparte, el formato de video que usa WebM es el VP8, y el audio esta en formato Vorbis, asi que cualquier reproductor que tengan que soporte VP8 y Vorbis les sirve para reproducirlo.
Por ejemplo, los reproductores gratuitos MPC-HC o el VLC media Player, estan en español y no requieren instalacion:
http://mpc-hc.org/http://www.videolan.org/vlc/Si quieres recodificarlo puedes usar Mediacoder, codificas con formato e video h264 y audio en AAC v2, contendor eliges MP4 o MKV, pulsas boton START y comenzara la codificacion, puedes arrastrar varios archivos de video a la vez para que los vaya codificando uno a uno de la lista.
Tambien fijate sino viene algun menu o submenu donde pueda elegir el contenedor a bajar, algunos programnas de descarga veo que aparece la opcion de webm y mp4.
