La verdad es que va bien, pero al final me resulta más cómodo el PS3MP, porque el menú del Windows Media Center me va a pedo burra.
Edito: Que ya he descubierto, para poner los subtitulos en el PS3 Media Server, en la lista de archivos aparece una carpeta llamada #transcoder...# y dentro de ella hay distintas versiones de la pelicula, con cada pista de sonido y subtitulos que tenga. Ahora a ver si puedo ponerlo con el tsmuxer.