¿que formato, codec, resolucion tiene el video?
Quizá tu primera metedura de pata ha sido instalarte algun codecpack mas grande de la cuenta, solo con Media Player Classics Home Cinema y el Codec FFdshow deberias poder reproducir el 98% de los videos (el FFdshow es multicodec, decodifica desde un divx o mp3 hasta un x264 y AAC) y si necesitas mejor rendimiento en x264 tienes CoreAVC PRO (de pago), H264/x264/AVC es el normalmente usado en los videos MKV de alta definición. El problema es que creeis que instalar un megapaquete de codecs os va a solucionar todo y después es todo lo contrario, el S.O. se reciente y empeora el rendimiento.
Tambien decirte que si el video es MKV/1080p el Intel ATOM 330 asi a solas no se si es suficiente, creo que irias falto, el 1201n tiene la ventaja de tener una 9400m que le acelera la decodificación de video HD.