Los miniPC con Windows baratos con Baytrail son muy recientes, por eso mucho gente tiró de los Android. Todo depende de los usos. Para emular o jugar mejor Windows eso está claro, aunque en un baytrail tampoco vas a emular mucho más que lo que hay en Android. También hay gente que usa un tvbox para más cosas que no sea sólo emular, de ahí las preferencias de Android en según que casos.
Yo en concreto tengo 2 tvbox. Uno lo uso para vídeo exclusivamente con openELEC (Linux), y el otro lo tengo con Android para algunas cosas que me van mejor en Android (torrent Stream o juegos por ejemplo).
Si vas a tirar por Windows yo compraría algo más potente que los Baytrail la verdad, que yo los veo muy justitos de rendimiento para según que cosas. Algo como un intel NUC con un i3 o i5 como poco, aunque son más caros eso está claro.