Puedes hacer cualquiera de las dos cosas, poner un protector encima del que ya viene, o usar la consola tal cual viene y cambiar el protector por un nuevo cuando este se estropee.
Aunque Nintendo lo venda como un pequeño adhesivo para proteger la pantalla, no deja de ser un protector de pantalla de plástico de toda la vida, yo he sustituido varios sin ningún problema. Vamos, que siempre hay que llevarla con protector, pero el que pone Nintendo de fábrica se puede cambiar por otro oficial (de la marca Hori o el mismo que Nintendo incluye en las fundas originales).