Algunos que no te han dicho:
Star Wars - Rogue Squadron -> Largo, difícil, una recreación excelente del universo Star Wars y técnicamente de lo mejor de Nintendo 64. Tiene la peculiaridad de que no es emulable, aunque tiene versión de PC (con peores efectos de iluminación).
Bomberman 64 -> Multijugador excelente. El modo de un jugador se distancia mucho de lo visto en la saga, con mundos más grandes y explorables (aunque sin la posibilidad de saltar). Muchos secretos y complicado de completar al 100%. Quizás el modo de un jugador no destaca lo suficiente para considerarlo un imprescindible, pero el multijugador es de los mejores de la consola.
Mario Golf - Si te gustan los juegos de golf éste es muy recomendable. Control excelente, seis campos muy diferenciados entre sí, multitud de desbloqueables y muchos modos de juego (incluye 18 hoyos de minigolf). Multijugador a 4 con un único mando.
Mario Tennis - Lo mismo que el anterior pero más completo si cabe. Los partidos a dobles con más gente son geniales.
Destacar Blast Corps y Pilotwings 64 entre los que te han dicho. Dos juegos muy difíciles y en los que es imprescindible hacerse con el control (no se maneja mal, es que es muy técnico). Recomiendo especialmente Blast Corps porque no he visto nada parecido.
La lista de clásicos que nunca puede faltar: Super Mario 64, Zelda Ocarina of Time, Zelda Majora's Mask, Goldeneye 007, Perfect Dark, F-Zero, Lylatwars (StarFox 64), Jet Force Gemini, Paper Mario, Conker Bad Fur Day, Mario Kart 64, Diddy Kong Racing, Super Smash BROS 64, Excitebike64, Wave Race 64, International Superstar Soccer (el 98), Mario Party (el 3)
Y para finalizar una lista que mezcla grandes juegos que no me impresionaron tanto como los anteriores, juegos que me gustaría probar, y juegos que no he probado pero que la gente menciona: Banjo Kazooie, Banjo Tooie, Donkey Kong 64, Turok, Turok 2, 1080, F1 World Grand Prix (lo que no sé es si el 2 es mejor que el primero), Star Wars Episode I Racer, Sin & Punishment, Mifchief Makers, Rayman 2, Beetle Adventure Racing, Body Harvest, Forsaken 64, 007 The World is not Enough, World Driver Championship, Ogre Battle, Tony Hawks Pro Skater 2, Doom 64, Pokemon Stadium, Starcraft 64.