Bueno, la verdad es que voy poco a poco, ya que tengo bastantes dudas por ahí, como por ejemplo a la hora de pasar los datos al PC vía FTP.
Según el tutorial que seguí de esta web, el xboxhdm realizaba una backup en el directorio E:\Backup, donde guardaba supuestamente la eeprom.bin. Pues al conectar el FTP, no había la eeprom, pero sí el directorio creado. Como no quería volver a desmontar todo y conectar el HDD al ordenador, miré si tenía alguna opción el propio Ndure, y resulta que sí.
Existe una opción para realizar la backup de la eeprom, la cual la guarda en el directorio E:\NKP11, además de permitir el acceso a todos los archivos del disco.
Es tán fácil como ir al directorio E:\ndts y ejecutar el archivo default.xbe, el cual arranca el Ndure ToolKit (o algo así xDD). Una vez hecho esto, y después de cerrar y volver a abrir el FlashFXP, pude hacer copia de todos los archivos de mi disco duro. Aún así, tengo algunas dudas.
Resulta que con el modo normal del Ndure, es decir, arrancando simplemente la consola, me aparecen archivos diferentes a cuando lo hago con el Ndure ToolKit. Sé que no es lo mismo, porque con la primera opción en la raíz de la partición C: aparecen los archivos Xbox.xtf y Xbox Book.xtf, mientras que de la segunda manera no. Además, los datos totales que aparecen de la segunda forma ocupan exactamente 1.38 GB, y la mayoría de todos esos datos se van en los archivos que aparecen en la partición Y que, curiosamente, dicha partición aparece vacía cuando conecto el FTP en el modo normal del Ndure :S:S:S
Si eso os dejo unas capturas de la carpeta resultante, a ver qué me podéis decir...ambas son del resultado de las particiones C e Y mediante el método del acceso completo Ndure Toolkit