Si te vas a molestar en soldar el aparato por dentro del usb ¿no podrias ponerle un interruptor al at90usb para poder encender la consola en modo servicio y después de que hubiese cargado ponerlo en off para poder enchufar otra cosa en el puerto usb?
Como es lógico el interruptor deberia de asomar fuera de la consola, por que si no menudo coñazo.