Le has puesto los anti vibraciones al disco duro? yo tengo una antec tb con el mismo sistema, y en ningun momento los dos HDD me han hecho ningun tipo de vibracion.
PD: Yo personalmente le pondria un ventilador en la regilla de atras para sacar el aire fuera de la caja, yo tengo puesto uno de 120 y se mantiene muy bien el habitaculo.