Lo primero es saber que sistema operativos usas, si es del familia del NT, windows NT, windows 2000 o xp se se hace con el comando convert. La sintaxis seria:
convert /FS:NTFS, esto se ejecutaria en una ventana de msdos, te dira que reinicies para poder hacer el cambio de sistema de archivos.
Si en cambio es windows 95, 98 o millenium no se puede pasar a ntfs.
Tambien podrias usar linux si lo tienes instalado.
Te comento que si lo pasas a ntfs, si tienes por ejemplo windows 98 y xp, windows 98 no podra ver los datos de windows xp por estar en ntfs, mientras que este si podra ver los de los tipos fat32 y ntfs, ya que es capaz de trabajar con los dos sistemas de archivos.