Eso tambien me paso a mi. Al hacer tus videos con el tmpgenc, tienes que indicarle en la pestaña "GOP structure" (dentro de "MPEG Settings") esto:
MAX number of frames ia a GOP 15
Lo mas seguro es que lo tengas en "0" sin limites, y para que entre en el standar del dvd tiene que ser como máximo 15.
saludos