Bueno, decir que después de mucho mirar por internet etc... he encontrado los codecs necesarios para ver bien los videos en la Wii.
En el manual viene que el video ha de ser mjpeg y de audio mp3, pero con esa configuración no me reproducia el audio la Wii, así que me puse a buscar y buscar, y al final dí con esto:
http://www.nintendo.com/consumer/systems/wii/es_la/compatibleMovie.jsp
De donde decidí usar el codec pcm_u8 para el audio, de forma, que, en linux, para convertir los videos solo he de poner en el terminal este comando:
ffmpeg -i '/archivo entrada' -vcodec mjpeg -acodec pcm_u8 '/archivo de salida'
El ffmpeg se puede bajar con los repositorios, a menos en ubuntu que es el que yo utilizo, pero digamos que viene "capado", hace tiempo lo encontré por una web sin capar, asi que si alguien lo quiere que me lo pida, está con bastantes codecs (fichero *.deb)
También decir que para que la calidad del video se conserve, si abres el avidemux, abres el video, seleccionas el codec Mjpeg de video puedes elegirle la calidad que desees. Yo le pongo 100, y audio copy y una vez guardado ese fichero, con el ffmpeg hago lo siguiente (en terminal)
ffmpeg -i 'archivo salido del avidemux' -vcodec copy -acodec pcm_u8 'archivo de salida'
Y a la SD para verlo en la tele xD
P.D: los videos me ocupan muchísimo, si alguien sabe la forma de que ocupen menos se lo agradecería
