Humm... si tuvieras el /home en una partición distinta podrías formatear la partición raíz e instalar ahí otra distribución de Linux sin ningún problema.
Sino, puedes grabar todo el /home/usuario en CDs, activando la opción de "Generar extensiones Rock Ridge" y "Conservar permisos de usuario", de modo que puedas restaurarlo con todos sus permisos exactamente como los tenías (¡siempre que el nombre de usuario sea el mismo!). Para ahorrar espacio puedes comprimir todo el directorio en un tar.bz2 y grabar el archivo en un CD.
Una tercera posibilidad es grabar los datos en una partición no Linux (como NTFS o FAT), teniendo en cuenta que perderas los permisos de los archivos, aunque a la hora de restaurar los datos no sé muy bien que permisos se les asignarán una vez copiados a la partición Linux. Como apunte, yo cada vez que copio un archivo de una partición NTFS a mi directorio /home se le asignan permisos iniciales de sólo lectura (que pueden cambiarse). No obstante, si comprimes todo el /home/usuario en un tar.bz2, el archivo resultante perderá los permisos al copiarse a otra partición, PERO, los archivos internos del comprimido deberían conservar todos sus permisos originales. Es teoría, nunca lo he probado, pero yo creo que es así. Si me equivoco que alguien me corrija.
PD: Yo, para evitarme lios, tengo creada una partición separada para /home y otra para la raíz.
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