He cambiado muchas veces la eeprom de mi consola para poner el xploit + nuevo disco duro en consolas de amigos y nunca he tenido problemas, siempre he usado la última versión del configmagic, la ruta de las eeproms siempre ha sido el subdirectorio "data" del directorio donde estaba el configmagic, y nunca he tenido problemas.
Revisa bien el directorio (yo siempre tengo F:\Apps\configmagic\DATA\eeprom.bin en lugar de F:\DATA\eeprom.bin, supongo que habrás grabado el configmagic en F: directamente, lo cual es raro, prueba a poner el directorio data en el mismo directorio donde esté el default.xbe del configmagic, por si acaso), y asegúrate de haber grabado la eeprom con la misma version del configmagic, por si acaso. Yo a mi consola 1.0 le he puesto eeproms de consola superiores, nunca he tenido problemas, pero si le pones a una 1.6 una eeprom menor, como 1.1, te petará y joderas la eprom (comprobado).
Por lo que me comentas, supongo que tu consola tiene chip, pero deberias concretarlo.
Si tienes la ruta correcta, la eepom correcta y el configmagic correcto, no veo donde puede estar el fallo. Revisa estos tres factores, alguno estará mal. Vuelve a grabar la eeprom, asegúrate de que el configmagic sea la misma versión y verifica la ruta. No se me ocurre nada más, ya que yo nunca he tenido un problema diferente.
Salu2