A ver, para responder a las preguntas:
Para obtener el archivo que hay que poner en la SuperCard, hay que poner los archivos que quieras reproducir (mp3, nsf, jpg, dmv) en la carpeta files_gbfs y posteriormente ejecutar WriteFiles_gbfs, con esto se crean 2 archivos _BOOT_MP_gbfs.nds y _BOOT_MP_gbfs.ds.gba
Para la SuperCard coge el .nds y una vez ejecutes el programa te permitirá navegar por la estructura de directorios que hubieras creado en la carpeta files_gbfs.
Hay otro archivo WriteFiles_IMFS que es para guardar los cambios que hagas en la carpeta files, como por ejemplo cambiar el fondo del reproductor.
El archivo resultante tiene que ser menor de 32MB (esto yo no lo sabía
, espero que se solvente pronto). Lo pones en tu tarjeta y marchando.
Para pasar los videos se pueden utilizar las herramientas que vienen en la carpeta dmvtools.
Si no he entendido mal, lo que hace con los archivos no es convertirlos a formato GB sino más bien inyectarlos en otro archivo que los interpreta.
Saludos.