Lo que puedes hacer son dos cosas:
1- Creas manualmente el .cue. Es del tipo asi:
FILE "ruta donde esta el archivo y nombre del archivo" BINARY
TRACK 01 MODE2/2352
INDEX 01 00:00:00
Ej: FILE "D:\WINNING ELEVEN\WINNING.BIN" BINARY
TRACK 01 MODE2/2352
INDEX 01 00:00:00
2- Abres el nero, eliges copiar imagen, y abres el .bin directamente. Te preguntará que elijas el modo de grabación. Escoges mode2 y a grabar!