Bueno yo te puedo explicar como lo hago yo con el nandub.
Primero abres el archivo de video que te interesa y en las opciones de video y audio marcas direct stream copy.
Despues de esto pones la pelicula en el inicio y pulsas la tecla de inicio en tu teclado, esto indica al programa desde que punto de la pelicula empiezas a "cortar". Despues mueves la barra que indica el tiempo de la pelicula hasta donde a ti te interese y en ese punto pulsas la tecla fin. Veras en la barra del tiempo que se queda de otro color la zona de la barra que has elegido. Una vez echo todo esto vas a file y le das a "save as avi", lo nombras y dejas que lo vaya pasando, tarda poco en hacerlo. Bueno eso es todo, no se si me abre explicado bien, pero espero que esto te valga.
Saludos.