Pues a mí me pasaba eso (en una debian): no podía elegir ninguna fuente y sólo me aparecían las genéricas para sans serif, serif, etc...
Mi problema se debía al antialiasing: firefox (por aquel tiempo, phoenix) estaba compilado con soporte para antialiasing, pero yo tenía mal configurados los ficheros de las X correspondientes al antialiasing. Soluciones: usar el navegador sin soporte para antialiasing o corregir los archivos en /etc.
Si sospechas que puede ser eso, mírate haber cómo tienes el fichewro /etc/X11/XftConfig (creo que fue ese el que toqué yo).