Arranca en modo a prueba de errores. Inicio -> ejecutar -> msconfig. Ve a la pestaña de inicio y busca algo que no te de muy buena espina. No tengas miedo porque puedes activar y desactivar a tu antojo, en las cosas que no te suenen mira la ruta para ver qué ejecutan.
El popup no es un banner de inet, me parece que es adware, y es el win el que lo lanza, si tienes el firefox como navegador predeterminado por ahí aparece.
