Los 2 son bastante parecidos. Yo te puedo hablar de la compatibilidad de la ds en ambos porque yo tengo el M3 SD y un compañero de la universidad el supercard SD. Ambos tienen una compatibilidad practicamente identica y ambos van practicamente igual en los juegos. Sobre el M3 todo lo que he probado va muy bien menos algunas cosas como la intro del Castlevania (que depende de la SD y va igual en un supercard) o el Spiderman que supuestamente va con ndspatch perfecto pero aun no he conseguido hacerlo funcionar.
Sobre el acabado el M3 SD sobresale 2cm milimetro arriba, milimetro abajo. El supercard SD nada. Por contra el supercard tienes que sacarlo de la ranura para sacar la SD cosa que en el M3 esta mucho mejor pues puedes sacar la SD sin mover el M3. Por otra parte el acabado del M3 es segun mi opinion y habiendo usado los 2, mucho mejor.
El supercard SD tambien tiene la ventaja en cierto homebrow que es algo mas compatible que el M3 SD
En cuanto a las respectivas versiones CF pues supongo que mas de lo mismo. Sólo se que el M3 CF sobresale el doble que la version SD y que es mas compatible con homebraw (por los drivers fat para cf).
Respecto a gba no se la compatibilidad de ninguno. Un saludo
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