Según mis "investigaciones", he llegado a la siguiente conclusión:
1 - Para restaurar un save, es necesario utilizar una Memory Card original de Nintendo.
2 - Puede que algunas Memory Card de serie (las baratas) parezcan totalmente inútiles con el mcBackup.
3 - En caso de no se restaure el save de la SD en tu Memory Card, comprueba que en la raíz de tu tarjeta SD no hay más DOLS que el mcBackup.
A mi me funcionaba en la Memory Card original de Nintendo, pero no con una de las baratas.
Tras un buen rato, me dió por eliminar el "mortboot.dol" de la raíz de mi SD. Ahora probé a restaurar el save en de mi SD a mi Memory Card barata y... ¡Funcionó!
Desde entonces, tendré una carpeta exclusiva para los .DOL, y en la raíz solo el mcBackup y los saves .GCI.
Si alguien ha experimentado problemas similares a los que he comentado, espero que esto le sirva de ayuda.
Un saludo, y gracias sobre todo a nuvalo.