Se me ocurre cual podria ser tu problema.
Este programa necesita parcheado DLDI, pero no para el dispositivo desde el que lo arrancas (DSTT en tu caso), si no para el dispositivo de destino de las roms, o sea, tu SuperCard CF.
Primer paso, conseguir el parche dldi para tu SC CF y parchear el dumpeador.
Pero hay un problema. Al cargarlo desde el DSTT sucede que el DSTT te lo parcheara automaticamente con el parche DLDI de DSTT, anulando el parcheado manual que hiciste para tu SuperCard CF.
Pero tiene solucion, puesto que hay un programilla por ahi que sirve para eliminar de un homebrew DLDI las "marcas" que tiene para decirle al parcheador (ya sea uno manual en tu PC o el autoparcheador de tu flashcard) dónde debe aplicar el parche y asi evitar el autoparcheado, conservando el parche que le hayas puesto tu. Si quieres este programa busca por ahi "dldi no auto" o algo asi.
Como tenia ganas de probar los programas esos, lo he hecho yo mismo, asi que aqui lo tienes, a ver que tal va.
Si no, prueba a hacerlo tu.
http://www.filedropper.com/ndsbackuptoo ... ccf-noautoTen en cuenta que, como el parcheado DLDI es para tu supercard, el archivo de configuracion .ini debes copiarlo A LA RAIZ DE TU TARJETA CF, no a la tarjeta de tu DSTT, pues es ahi donde el progrma espera encontrarlo.