Time Machine te hace copias incrementales, solamente es enchufar el disco y ya. No hay que hacer nada mas, el automagicamente se encarga de todo.
A mi personalmente no me gusta, cuestión de gustos y de como quieras realizar tu copia de seguridad.
La alternativa quizás más configurable que yo haya probado, es el Carbon Copy Cloner. Eso ya según la necesidad.
Actualmente tengo mis copias con FreeFyleSync, ya que es open source y gratuito y me ofrece lo mismo que me ofrecía Carbon Copy Cloner (puedes probarlo durante 1 mes)