El juego utilizará el sigilo, similar a lo conocido en anteriores versiones de la saga, donde el jugador utiliza su astucia para avanzar, además de los clásicos combates. Kojima ha fijado el nuevo lema principal como "No Place to Hide!", pero también ha asegurado a los fans que esto no implica que el sigilo característico del juego ha sido removido. Sin embargo, Kojima ha declarado que el juego ya no estará basado en las "Sneaking Missions" ( "misiones de infiltración" ) permitiendo elegir al jugador el mejor método para recorrer los lugares y llevar a cabo sus objetivos, ya sea combatiendo o por medio del sigilo.
SentidoKojima ha afirmado que con Playstation 3, será capaz de trabajar con detalles que ningún otro juego tiene. Por ejemplo, si un edificio es severamente dañado, el sonido resultante de una cercana explosión, puede causar que el edificio se derrumbe y caiga. Además, está planeando consultar a un psiquiatra acerca de cómo empatizar "efectos psicológicos" en las batallas entre Snake y sus enemigos, así que "quien pueda manejar sus miedos, es quien decide el resultado". Los trailers del juego también insinúan que los metal gears que aparecen, están diseñados para jugar con las emociones de Snake.
Continuando con el tema, los soldados con los que Snake se encuentra no son amigos o enemigos en un principio, sino que las decisiones que tome el jugador tendrán influencias en como respondan a Snake. En una entrevista a Kojima, éste dijo que planea dar a los jugadores un magnífico efecto con los enemigos solo con pelear con ellos, permitiéndoles formar, cambiar alianzas y enemigos entre Snake y los demás grupos en el campo de batalla.
Elementos que regresanEn este juego se planea utilizar un nuevo sistema de cámara de 360 grados en tercera persona en adición a la ya conocida cámara de amplia perspectiva usada en las versiones anteriores de Metal Gear Solid. Una versión experimental de esta cámara fue incluida en Metal Gear Solid 3: Subsistence. La alterada cámara en tercera persona también permitía una mayor precisión en el sistema de disparo en primera persona. El sistema de CQC también será retomado, permitiendo al jugador interrogar a los guardias para sacarles información y que supliquen. Otra característica que debutó en Metal Gear Solid 3: Subsistence fueron las batallas online, que también estarán presentes en Metal Gear Solid 4.
Por primera vez en la serie, la expresividad de los soldados enemigas será tan visible que no hará falta poner las típicas exclamaciones e interrogaciones como indicadores. Sin embargo, recientes entrevistas sugieren que estas serán puestas nuevamente por motivos nostálgicos.
Si bien ningún modelo de Metal Gear ha sido revelado hasta el momento, un similar concepto de éste es el llamado GEKKO, un gran robot bípedo muy similar a Metal Gear RAY. Kojima ha descrito a ésta máquina como un equivalente a un jeep, y como un tradicional metal gear, de alta letalidad, parecido a la capacidad de un tanque.
OctocamoContinuando pero simplificando el sistema de camuflaje de Metal Gear Solid 3, "Octocamo" es el nuevo sistema de camuflaje óptico utilizado por Solid Snake, remplazando su tradicional "Sneaking Suit" (traje de infiltración). Cuando el traje toca contra una superficie, adquiere sus características, asi camufla de un modo más efectivo. Tiene un traje principal y una máscara para una mayor cobertura. Ambos proporcionando funciones similares y, al parecer, la máscara tiene la capacidad de cambiar la cara de la persona que la usa de forma que parezca herido o muerto, aunque en recientes entrevistas Kojima explicó que la cara no cambiaría con el traje.
Sistema Solid EyeEl sistema Solid Eye es un parche óptico que usa Solid Snake cuyas características están a la vista en los trailers. Su nombre viene de un accesorio de Metal Gear Acid 2 para PlayStation Portable. Este sirve como reemplazo a las Gafas Termales (Thermal Goggles), las Gafas de Visión Nocturna (Night Vision Goggles) y los binoculares presentes en los juegos anteriores. También revela a Snake información acerca de sus alrededores y los enemigos presentes.
Metal Gear MK. IISnake será acompañado por un pequeño robot, controlado remotamente por Otacon, el cual permite la comunicación entre ambos. Lejos de ser un indefenso observador, el MK. II aparentemente puede electrocutar a los guardias en ciertas situaciones. Kojima ha comentado que el equipo desarrollador experimentó con la idea de controlar al Mk. II vía control remoto desde una PlayStation Portable, aunque estas características pueden que no aparezcan en el juego final si no las consideran prácticas. Kojima también habló de que no hay ninguna relación entre el idéntico robot que aparece en su juego anterior Snatcher y el robot que Otacon maneja. Snake usa un SIXAXIS para manejarlo, quizás es la prueba definitiva de que Metal Gear Solid 4 no saldrá en otras plataformas.