Pues el problema tal cual apareció, ha desaparecido.
El martes, les mande un email comentando el problema, me contestaron con una serie de recomendaciones típicas (usar la última versión de flash, no tener mas programas que tiren de ancho de banda abiertos, etc) y me dieron un par de webs donde hacer test a la linea.
Les contesté diciendo que todos los consejos ya los llevaba a cabo y que el en el test de mi linea había sido perfecto (Categoría A, ping de 15 ms y 12 Mg/1 Mg). Y les dije que podía visionar sin problemas otras tv online por flash sin problemas y que eran ellos los que debían de haber realizado algún cambio en su reproductor flash o en sus servidores.
Ya no me contestaron pero esa misma noche del martes pude ver el partido del Madrid sin pegas con linux y ayer vi el del At. de Madrid igualmente sin pegas bajo windows. Ahora mismo estoy viendo el partido del Valencia en calidad HD y sin ningún tipo de incidencia.