@Crápula Explicare un poco lo que hice.
Puse la tarjeta en exfat ya que todo el mundo lo recomendaba, al insertarla, me pedia una actualización, asi que no tenia la compatibilidad hecha.
Mientras tanto pensaba que método usar para actualizarlo, hice RCM y cargue el Hekate, para realizar una backup (por suerte aunque la switch no tenga compatibilidad con exfat, en modo RCM si la tiene).
Una vez realizado el backup, aun tenia dudas de como hacerlo y pensé... si ahora mismo se puede instalar juegos nsp con el tinfoil, a través de usb/pc, se instalará en archivos pequeños de menos de 4GB (no sabia exactamente como realiza la instalación) y no debería tener problemas en fat32, así que me puse a hacer la prueba...
Guarde el backup de la switch en el pc y volví a formatear la microsd a FAT32 (con un programita, que windows no deja) y efectivamente, he instalado mis backups de Zelda y Xenoblade sin ningún tipo de problema y funcionan perfectamente. Así que me ahorro de tener el formato exfat y instalar ninguna actualización ni hacer cosas complicadas y puedo instalar juegos de gran tamaño de esta forma.
Espero haberme explicado bien ^^