A mí todo lo que he descargado en mis Mac (con Snow Leopard, Lion y Mountain Lion) siempre se me ha ido a la carpeta de descargas, permaneciendo allí hasta que lo borrase o trasladase a otra.
Ahora bien, si te refieres a un PDF abierto on-line desde un navegador (Safari, Chrome, etc) si no le das a descargar, cuando cierras el navegador que yo sepa dicho PDF se pierde.