Pues lo he arreglado. No era ni chips ni placa ni la batería , ya marca bien porcentaje y en Hekate vuelve a valores normales. Pongo qué hice por si le pasa s alguno.
El tema es que la voy a vender porque ya no la uso casi, entonces me sonaba que se había usado scene en sysnand al inicio pero sin conectar a servers de Nintendo. Entonces no sabía seguro si podía estar baneada, marcada o algo. Para saberlo lo que hice fue usar Haku33 para limpiarla y luego actualizar a la última versión (la tenía en 7.0.1 la sysnand aún). Estaba baneada (o se baneó en el proceso, no sé) porque no deja actualizar con server Nintendo, salta el error típico de no se puede conectar al server. El tema es que a partir de la restauración con Haku33 (no sé si valdría una restauración normal de sysnand para arreglar el indicador de batería, igual no porque no es tan profunda la limpieza como con Haku33) los valores han vuelto a la normalidad y en Hekate ya marca clavado el porcentaje que debe la batería, los 4000 y pico mah.
Supongo que algo se habría desajustado en el Horizon (sysnand) y al hacer limpieza/restauración todo ha vuelto a la normalidad.