Lo de las caras del cubo es un fallo que existe tanto en beryl como en compiz fusion, en realidad no es un fallo es que lo que cambia de escirtorio en metacity y en compiz fusion no esta integrado (siempre que se use una sesión xgl).
Solución:
Borra de tu home gnomeconf y todos los direcotrios de configuración de gnome.
Inicia sesión en gnome normal
Cambia alli el numero de escritorios a 4
Arranca la sesion en XGL y ya tendras el cubo.
Y NUNCA cambies el numero de escritorios desde la sesión xgl.