La gracia que tiene el Clone CD es hacer copias 1:1 de los CDs, con lo que en teoría el crack no lo necesitas para nada. Si quieres hacer un CD con su correspondiente crack o parche, usa programas que te permitan hacer compilaciones, como puede ser Nero, CDRWin o Padus Diskjuggler.
Si no he entendido la pregunta, explícame de nuevo