A mi me parece que si te es posible, resulta mas comodo formatear el Disco Duro en NTFS en vez de Fat32 y así podras copiar archivos de 4 Gb o mas. Tienes que tener en cuenta que algunos juegos no se podran comprimir en menos de 4 Gb.
De todas formas el programa para comprimir es el WiiScrubber, es muy facil de utilizar, solo indicarle donde esta la ISO del Juego a comprimir y poco más.
Un Saludo, espero haberte ayudado.