En mi caso al principio también me pillé un buen mosqueo con los bordes de las imágenes hasta que descubrí que la suite y casi todo windows no sabe que coño es un canal alfa ni una puta transparencia y el editor no hace bien las transparencias con el color que seleccionas y da quebraderos de cabeza. Así que recomiendo usar Gimp (para windows ya que estamos) que aunque sea un poco arcaico y extraño. Y es gratuito, totalmente.
Lo de ponerles el fondo tal cual va a ser me parece un poco engorroso. Yo intenté eso mismo y no conseguí dar con la tecla, pero si funciona....
El mejor formato que veo mejor yo para manejar esas transparencias es el PNG, ya que por lo menos con el gimp ocupan poco, una vez acabado el dibujo realiza perfectamente la combinación de capas visibles y el formato final conserva esas transparencias. El gif por ejemplo según le de a windows te pone el fondo negro o blanco según le pilla, no el gimp, sino el programa de editar.
Ojala la función de import background también estuviera en los iconos de los cheats, ya que si no es como dice Animal_Borra yo no se que hacer y mira que hice algunos muy monos....pero para que se vean picos rosas como que no.
pd: ahora que veo se aprecian errores de esos incluso en el del terranigma en la cara de Ark, joder.......