Ahora mismo no encuentro en que artículo viene eso explicado, así que no te lo puedo confirmar, pero yo diría que es un convenio extraestatutario como dices, y que solo afecta a los que demuestren estar afiliados a ese sindicato o a quién quiera adherirse.
Supongo que sería nulo si el convenio tuviera una eficacia general, es decir, un sindicato con el 30% no puede negociar unilateralmente un convenio para todos los miembros de la empresa, pero si puede hacerlo para sus afiliados, siempre que no sea "peor" que el convenio general.