programas compatibles con MSN hay muchos, Amsn, Pidgin, Emesene, etc... casi todos los programas compatibles en linux tienen su version para Windows, lo que si puedes en algunos notarles alguna falta (no todos soportan Webcam por ejemplo) o extras interesantes como que soporten varios servidores de chat diferentes, con Pidgin por ejemplo puedes hablar con gente de MSN, GoogleTalk, Yahoo, Jabber,etc...
Yo en linux ahora mismo uso Amsn y no tengo queja. Unicamente hay que ir actualizandolo frecuentemente igual que los demas ya que Microsoft cambia MSN cada dos por tres.