Los backups de los saves se guardan en el PC.
Ayer intente hacer el backup del Layton y La Mascara Prodigiosa y me dice que este juego no es compatible, y eso que en la web pone que si. Asi que no todos los juegos son compatibles respondiendo a tu pregunta.
Para hacer el pokemon shiny el power saves edita la ID de tu pokemon, es lo unico visible a simple vista, todo lo demas no se diferencia de uno capturado legalmente. Por tanto, como el ID de tu pokemon modificsdo no coincide con el tuyo del juego y otros pokemon capturados, a no ser que digas que lo capturaste en otro juego o en otra partida sera facil saber si lo has modificado o no.
Saludos!