Tienes Firmware original y quieres reemplazar el update.pbp?? Mmm no entiendo bien ke dices.
Vamos por partes, tu tienes un Eboot.pbp ke va en la carpeta PSP/GAME/UPDATE, este solo se utiliza para actulizar el psp, eso instala archivos a la memoria interna [flash0] de tu psp. Si eliminas o reemplazas no pasa nada.
Si kieres usar otro diferente para instalar un Custom Firmware, imposible, no esta firmado por sony....