A ver, aclararé un poco el tema de las baterías...
¿Es recomendable cargarla completamente?No es obligatorio, pero tampoco es malo. Las baterías antiguas (o de equipos baratos) de NiMh sufren el tan famoso "efecto memoria" que obliga a cargarlas completamente, pero esto no ocurre en las nuevas Li-ion, que usa Nintendo 3DS.
¿Es malo descargarla completamente?Sí. Una batería Li-ion sufre muchísimo cuando se deja descargar completamente, y por ello la consola se apaga antes de descargarse totalmente. El procedimiento de descargar completamente una batería se suele llamar "resetear la bateria", y algunos recomiendan hacerlo cada X meses para recuperar batería. No obstante, siempre suele provocar pérdidas y pocas veces sé que haya dado resultados. Sencillamente: no lo hagáis.
¿Es malo dejar encendida la consola mientras se carga?Respuesta corta: sí, pero es casi despreciable. Respuesta larga: A pesar de lo que puedan pensar muchos, la batería deja de usarse en cuanto ésta se encuentra cargada, y la consola en todo momento se alimenta a través de la corriente. No obstante, las baterías sufren a causa del calor, encontrándose muy por encima de sus 15ºc recomendados. Así pues, las baterías se encuentran expuestas al calor del disipador y del resto de componentes. Esto sobre todo ocurre en el caso de los portátiles, los cuales cuentan con CPUs/GPUs que altas temperaturas, calentando más la batería de lo que deberían. Pero en este caso, donde la 3DS no alcanza temperaturas tan altas, la batería no sufre tanto, lo que hace de este daño casi despreciable.
Extra: ¿cómo debo conservar mi batería si voy a estar mucho tiempo sin jugar?Lo recomendable es mantenerla en un 40% de su carga, y nunca al 100%. La mayoría de los aparatos con baterías Li-ion son cargados de fábrica un 40%, porque es el porcentaje más estable para conservar energía.
Saludos