Yo he probado varias cosas, porque me ha pasado guardando de varias formas y parece que si he encontrado la "solución definitiva"...
1.- A la hora de querer salir del juego, tener en cuenta no hacerlo justo al inicio de ninguna misión, avanzando hasta el primer o segundo encuentro de enemigos, estando pendiente de que aparezca el símbolo de autoguardado en la rueda de armas derecha.
2.- Desde el menú del personaje, ir a "juego" y darle a "Ir al menú principal". Aparecerá un mensaje indicando el tiempo que hace que se ha guardado.
3.- Una vez en el menú principal del juego, comprobar el guardado en la opción de las ranuras. Si en ella aparece la misión donde nos hemos quedado, es que está todo bien.
4.- Cerrar el juego.
5.- Apagar la consola.
Una vez que queramos retomar la partida, al encender la consola, iniciar el juego desde 0, nunca desde "Reanudar Actividad". Una vez en el menú principal del juego, iniciar la partida desde la opción de las ranuras de guardado, nunca desde "Continuar".
He probado esta tarde a hacer eso varias veces, y siempre me ha guardado bien. Espero que os sirva.