Para el tema de la copia de seguridad de tu emule, en INCOMING como bien sabes tienes tus archivos terminados, lo que realmente es importante es el direcotrio TEMP donde se guardan los temporales que te vas descangando y todo el direcotrio raiz del emule que es donde se guarda la configuración del programa.
Yo estoy recomendando últimamente el uso de overnet que me va bastante bien y no tengo que romperme la cabeza con listas de servidores ya que él mismo se conecta a los mejores servidores y como sabes es 100% compatible con la red emule.
El Bit Torrent es un sistema de bajado más rápido, sí, pero por norma general para que te baje a una velocidad wena sólo puedes bajar 1 cosa cada vez. Yo lo suelo usar para cuando me hace falta algo ipso facto y lo necesito rápido. Normalmente te tienes que bajar un archivo *.torrent que se ejecuta en una ventana del bit torrent (hay varios mods, te recomiendo el Shadow´s Experimental) y se comenzará a bajar, al principio poco a poco, pero cuando coja velocidad lo pondrás a l límite de tu conexión. Es por esto que es "mejor" que el emule, y lo pongo entre comillas porque es en realidad mejor para una cosa que te vas a bajar, en el emule te bajas las que tu quieras con el límite de tu velocidad, en Bit Torrent 1 cosa (por poder te puedes bajar más, pero no es recomendable).
Un saludo!